Fue en su localidad natal de Los Palacios y Villafranca, en la provincia de Andalucía, donde el joven Fabián descubrió el fútbol. Su apetito por el fútbol lo llevó a la cantera del Real Betis a la edad de ocho años, donde perfeccionó sus habilidades como centrocampista en todos los niveles juveniles. En 2014, con 18 años recién cumplidos, se incorporó al filial del club español, con el que se coronaría campeón de España D2.
Debutó con el primer equipo el verano siguiente, antes de marcharse cedido al Elche CF durante el invierno. Los cazatalentos del Napoli luego hicieron un movimiento para que el mediocampista creativo alto (1,89 m) se uniera al equipo de la Serie A. Primero Ancelotti y luego Gattuso, Ruiz se convirtió en titular automáticamente, lo que lo llevó directamente a la selección española (15 partidos internacionales).
Con los napolitanos, el volante finalmente disputó nada menos que 166 partidos, incluidos 32 a nivel europeo (22 goles, 15 asistencias), antes de decidirse a cruzar los Alpes para enfrentarse a un nuevo desafío. Fue en el verano de 2022 cuando el andaluz de 26 años se mudó al Paris Saint-Germain.
